Povestea construirii manastirii este legata de un cioban analfabet, surd si sarac lipit pamantul-Petre Lupu, despre care se spune ca in 1935, intre Paste si Rusalii, lui Petrache i-a aparut in cale Dumnezeu cerandu-i sa propovaduiasca dragostea fata de credinta. Astfel i-a redat auzul si vorba, viziunile si vindecarile sale facand din Maglavit un loc de pelerinaj.
Manastirea Maglavit a fost desfiintata de comunisti si reinfiintata, cu hramul Izvorul Tamaduirii, in 1990, an in care s-au continuat lucrarile neterminate inainte de razboi.
La manastirea Maglavit, este inmormantat Petrache Lupu.
După Revoluția din 1989, la 17 august 1990, la dorința credincioșilor, Mitropolia Olteniei reînființează mănăstirea, începută în 1936. Păstoria a fost încredințată Arhimandritului Policarp Sidor. În zonă n-a fost în trecut viață monahală, dar după întâmplările lui Petrache Lupu s-au așezat aici câțiva călugări, iar pe malul Dunării – o mică obște de călugărițe. Aici, „la buturugă”, unde a început să slujească un călugăr, era și un stareț cu numele de Nicanor. Tot atunci, a început construirea unei mari biserici cu scopul de a perpetua mesajul Maglavitului și a îl răspândi. Biserica mare din zid de cărămidă a fost plănuită și proiectată pe piloni pentru a fi ferită de apele Dunării.
În prezent, datorită construirii unui dig, apa nu mai amenință biserica. Ridicarea bisericii a început în 1936 și s-a continuat, dar în mai mică măsură, până în 1940.
După 1990, s-a închis subsolul și parterul cu cărămidă, constituindu-se astfel locul pentru slujbe.
In anul 2010, Mănăstirea Maglavit a fost transformată din mănăstire de călugări în mănăstire de maici.
In vara anului 1935, la Maglavit, un sat din apropiere de Dunăre, unui cioban pe nume Petrache Lupu, i s-a arătat Dumnezeu. Gângav din naștere și analfabet, după ce a primit porunca divină să aducă lumea înrăită și nărăvită pe drumul cel bun, ciobanul a început să vorbească și să facă minuni. Așa s-a născut unul din cele mai faimoase fenomene religioase din România, care a adunat mulțimi de sute de mii de oameni, veniți din toate județele țării, deopotrivă intelectuali, preoți, politicieni și țărani. Repovestim istoria Maglavitului, de dragul pitorescului ei, ca pe o întâmplare miraculoasă, inexplicabilă, așa cum a rămas și în caietele părintelui Nicolae Bobin, cel care a notat cu fidelitate „spovedaniile” consăteanului său, Petrache, precum și mărturiile unor oameni care l-au cunoscut îndeaproape pe „Sfântul”, porecla cu care ciobanul căruia i s-a arătat Dumnezeu a trecut în lumea de dincolo.
Poveștile despre Petrache Lupu și locul în care acestuia i s-a arătat Dumnezeu sunt nesfârșite. Poate cel mai simplu este să mergi acolo. Să vezi locul din pădure, numit „la buturugi”, unde „Moșul” s-a arătat, sau la salcia de care El s-a sprijinit și de-atunci picură apă tămăduitoare din ea, sau la crucea din luncă, de lângă cei patru duzi, de unde Petrache, un cioban orfan și analfabet, a știut să spună cuvântul lui Dumnezeu. Nu ai cum să nu simți puterea, apăsarea acelui loc întins, plin cu ochiuri de apă, la marginea pădurii de salcâm. Dacă stai nemișcat în aerul plin de lumină, auzi Dunărea, auzi rugăciunile de altădată, împletite în acea curgere nesfârșită de apă. Și un glas ce merge parcă înaintea tuturor, ușor de recunoscut: Petrache Lupu, Omul lui Dumnezeu.